เนื้อเรื่องในภาคที่ 5 นั้นเป็นเนื้อเรื่องระหว่าง สตรีทไฟเตอร์ III และ สตรีทไฟเตอร์ IV หลายปีให้หลังจากที่แนชถูกเวก้าสังหาร เขาก็ได้ฟื้นตื่นขึ้นมาจากหลุมฝังศพ และได้รับคำแนะนำจากผู้หญิงคนหนึ่งที่ชื่อเฮเลน โดยเธอได้รื้อฟื้นความทรงจำเกี่ยวกับไกล์ผู้เป็นอดีตสหายศึกที่จะสามารถช่วยในการกำจัดเวก้า ในขณะเดียวกัน องค์กรชาโดลูได้เริ่มแผนลับที่เรียกกันว่า "ปฏิบัติการห่วงโซ่" (Operation C.H.A.I.N.S) ด้วยการเปิดตัวดาวเทียมเจ็ดดวงในวงโคจรที่เรียกว่า "แบล็คมูน" (Black Moons) ส่วนราชิดก็ได้แทรกตัวเข้าไปในสำนักงานใหญ่ของชาโดลูเพื่อตามหาเพื่อนที่ถูกพวกมันลักพาตัว ทว่า เขาก็ถูกพบตัวและพ่ายแพ้ต่อฟาง ผู้ขโมยไอเท็มที่มีลักษณะคล้ายตัวหมากรุก และใช้มันเพื่อทำให้แบล็คมูนซึ่งเป็นอาวุธพัลส์แม่เหล็กไฟฟ้าเหนือนครนิวยอร์กระเบิด

หลังจากความพยายามที่จะหยุดยั้งเวก้าและสมุนของมันในนครนิวยอร์กไม่ประสบผลสำเร็จ ไกล์ และชุนลี ก็ต้องมาเผชิญกับแนช ซึ่งได้พยายามช่วงชิงชื้นส่วนที่มีลักษณะคล้ายตัวหมากรุก แล้วหนีไปไม่นานหลังจากนั้น ต่อมา แนชก็ได้พบกับเฮเลน ผู้ทำการหว่านล้อมราชิดและจูริในการสร้างพันธมิตรกับพวกเธอ เพื่อนำชิ้นส่วนที่คล้ายหมากรุกไปใช้ในการหยุดยั้งปฏิบัติการห่วงโซ่ โดยเผยให้เห็นว่าพวกเขามีกุญแจที่จะควบคุมแบล็คมูน และมอบหมายให้ใครคนหนึ่งเก็บรักษาเพื่อป้องกันไม่ให้ถูกนำไปใช้ ในขณะที่วัตถุประสงค์ขององค์กรชาโดลูคือการใช้แบล็คมูนในการแผ่ความหวาดกลัวและสิ้นหวังต่อผู้คนทั่วโลก ซึ่งเป็นแหล่งที่มาของไซโคพาวเวอร์สำหรับเวก้า และพวกมันตั้งใจที่จะสูบฉีดพลังงานนี้ เพื่อที่จะทำให้เวก้า รวมถึงกองกำลังของเขาอยู่ยงคงกระพัน ในการครอบครองข้อมูลเดียวกัน คารินได้เรียกนักสู้จากทั่วโลกมาช่วยในการรวบรวมชิ้นส่วนก่อนหน้าองค์กรชาโดลู ทุกคนต่างตอบรับคำเรียกร้องจากคาริน ยกเว้นริว ผู้ทำการฝึกฝนเพิ่มเติมเพื่อทำการกักขังพลังซะสึอิโนะฮะโดตามคำเสนอแนะของเคน

ในฐานะของนักสู้ที่เดินทางไปทั่วโลกในการค้นหาชิ้นส่วนดังกล่าว พวกเขาได้ถูกโจมตีอีกครั้งโดยเนคอลลี